清顺治三年(1646)

    清顺治三年(1646)，世祖皇帝命使祭祀黄帝陵时，对黄帝陵庙进行了清代第一次维修。此后，清代康熙年间三次维修黄帝陵庙，六年(1667)由刺史与洛、中、宜三邑令长主持维修，十九年(1680)由王廷弼主持维修，三十年(1691)由李暄主持维修；雍正年间维修两次，七年(1729)由何任主持维修，十三年(1735)由李如沅主持维修；乾隆年间维修三次，二十五年(1760)由巩敬绪主持维修，三十七年(1772)由董廷楷主持维修，五十五年(1790)由罗南英主持维修；嘉庆十二年(1807)由丁瀚主持维修一次；道光十二年(1832)、二十二年(1842)程弯素主持维修两次。有详细记载的有以下几次： 
    清康熙六年(1667)丁未十月《重修轩辕黄帝庙碑》和《重修轩辕黄帝庙募缘序》碑记载康熙六年前，黄帝陵庙圮颓庙漏。据清刘尔惮撰《重修轩辕黄帝庙募缘序》记载：康熙六年，巡抚都御史贾公来庙，见此境况，“恻然弗自宁也，以檄河西副宪；副宪鲍公亲诣庙谒览焉，而叹曰：‘事孰有急于此者乎!乃兹颓焉弗修也!’于是下令，庀材程工。太守王公则曰：‘是不可重劳民。’乃捐俸资之。而司李刘公则谓予曰：‘事集于人，功成于众，子何言之?’予曰：‘功崇者世，泽永者思。今孰不居尔宫室，利尔器用，习尔文书，而律历，而衣裳?此世者之道，而思之永者也，则谁不思饬厥祠!矧是役也，宪司身其事，太守与公尝董率之!夫上所令，下奉唯谨也，上所为，下弗力恤也。彼文武将吏，有事于延之封域者，厚集其资以襄厥事，亦义所不得辞也。’”为整修黄帝陵庙，七位地方官员（陕西按察司副佥事周云、陕西按察司副使鲍开茂、延安府知府王廷弼、神木兼收同知英宗泗、署葭州事神木同知高显辰、靖边知县口口口、中部县典史汪兆焱）共捐俸银218两。同年十月，“大殿成，两门、碑亭，乃作唐宋元明碑序，列其中。然后周垣兴，必------------------------------宫实枝，门宇辉焕”。 
    雍正七年(1729)，皇帝下诏天下郡邑，凡有皇古圣哲王寝陵庙者，均应整修；倘若资金不够，可上报拨专款。雍正十二年(1734)，中部县令何君“上其事于州”，陕西直隶?州知州李如沅“为请之当道各宪”。于是，“佑其工值”。于同年二月十八日开工整修，直至九月十二日竣工，历时七个月。修成后，陵庙焕然一新，“登登冯冯，弗胜磬鼓；碧瓦凌空，金茎耀日”（雍正十三年(1735)《轩辕黄帝庙重修碑记》）。 
    乾隆二十六年(1761)对黄帝陵庙的整修是清代规模最大的一次。这年，脚州知州高麟勋拜谒黄帝陵庙，“瞻仰榱题，周视垣墉，多朽落颓圮，遂慨然动修葺志”，令中部县令巩敬绪督修。七月动工，十月完工。关于这次整修，乾隆二十六年十一月之《重建轩辕庙记》有详细记载，节录如下： 
    是役也，经始于秋七月之望日，报竣于冬十月二十有一日。于帝所居正殿，易其鸱尾，更其瓴瓿琉璃玛皤，分道一色。其间为碑亭三楹，为更衣亭三楹；为大照墙一，衡三丈有奇，高半之；为左右翼墙各一，长各六丈；照墙外为石坊，石有一丈，如其长之数，而作砖栏以卫之；为宫墙一百六十丈有奇，庇之以木，脊其巅以口之。门内外暨碑亭南北作中角道三十余丈，椽之以石，如其长之数，而两之。事皆似因，其功实倍于创。庙内外共靡金钱九十余万有奇，工夫二千八百有奇。弗取诸公，无扰于民，是玉殿琼台。绀壁红墙与古柏虬影，烟岚翠献，掩映参差；而上下前后，左右四旁，遂莫不炳炳然新光焕发矣。